引起保留時間不重復的原因較多，其中柱溫不穩定和流速有變化是引起保留時間不重復的最可能的兩個原因。此外，還有進樣技術不佳、進樣量過大以及色譜柱損壞等原因，而檢測器的故障不會造成保留時間的不重復。
天然氣分析儀排除保留時間不重復故障的方法有:
(1)進樣技術不佳:檢查進樣的重復性，用注射器手動進樣時要提高進樣技術，進樣時應快且利落。
(2)柱溫箱控制不好:檢查柱溫箱的封閉情況，柱溫箱門要關嚴，否則應對柱溫箱進行維修。
(3)使用程序升溫，每次重新升溫時，沒有足夠的時間使起始溫度保持一致:留有足夠的時間使每次重新升溫時起始溫度保持一致，這一點對于柱溫起始溫度為室溫的情況尤其需要注意。
(4)載氣流速變化:可用皂膜流量計測定實際流速加以證實，如果載氣流速不穩定，則需進一步檢查系統是否漏氣，穩流閥、穩壓閥工作壓力是否合乎要求。
(5)系統漏氣:檢查所有管路并清除漏氣。
(6)色譜柱損壞由于固定相嚴重流失等原因使色譜柱的性能發生改變，必要時更換新的色譜柱。
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